БАДи можуть викликати негативні побічні ефекти, навіть якщо приймати їх в рекомендованих дозах.
Повідомляються побічні ефекти часто легкі, такі як нудота, діарея або головні болі. Зокрема, добавки з залізом відомі тим, що викликають розлад травлення.
Однак деякі інгредієнти в добавках, особливо трави, можуть мати більш серйозні побічні ефекти, такі як алергічні реакції, підвищення кров'яного тиску і підвищений або нерегулярне серцебиття.